La forte activité microbienne qui se développe, principalement lors des premières semaines de compostage, jointe à la montée en température qui accompagne cette fermentation, dans un milieu qui doit être fortement aéré, entraîne d’importantes émissions de composés odorants. Ces émissions peuvent être la source de nuisances lorsque les installations ne sont pas confinées : les nuisances odorantes constituent ainsi les principaux motifs de plaintes des riverains. L’évolution des technologies rend désormais possible le compostage en milieu confiné avec aération pilotée. Les installations qui mettent en œuvre ces nouvelles technologies sont principalement des installations de taille industrielle. Elles sont équipées des moyens de traitement des gaz de fermentation. Ce traitement est opéré par lavage ou biofiltration des gaz (les gaz odorants sont filtrés à travers un lit comportant des micro-organismes. Les composés biodégradables, en général malodorants, y sont oxydés et décomposés).

Le compostage entraîne par ailleurs quasi systématiquement des émissions de gaz à effet de serre (méthane / CH4, protoxyde d’azote/N2O) dans des quantités très variables selon la pratique de compostage, évaluées de 2 à 5 fois inférieures aux émissions de CO2 inhérentes au compostage.