Le compostage n’est toutefois applicable qu’à la partie organique des déchets, qui en constitue environ le tiers : il reste donc à trouver des voies d’élimination pour les deux tiers restants. Comme tout traitement biologique, le compostage se place ainsi en complémentarité avec les deux autres grands modes d’élimination des déchets que sont la valorisation énergétique par incinération, applicable en particulier à la fraction synthétique extraite lors du tri des déchets avant compostage, et la mise en décharge pour les déchets ultimes non valorisables.

Le compostage est également complémentaire de la méthanisation puisque, dans l’état actuel de la réglementation, le résidu de traitement de matières organiques par méthanisation (le digestat) ne peut être mis sur le marché en tant qu’amendement ou matière fertilisante qu’après avoir subi une phase de compostage.